一个从ChIP-Seq数据中解码长链非编码RNA和microRNA基因转录调控的数据库。染色体免疫沉淀和下一代DNA测序（ChIP-Seq）的最新进展已经以空前的敏感性提供了检测转录因子结合位点（transcription factor binding sites，TFBSs）的方法。该数据库以促进从ChIP-Seq数据中进行转录因子结合图谱和lncRNAs与miRNAs转录调控关系的综合注释和发现。ChIPBase的当前版本包括了通过在来自六种生物体的不同组织和细胞系中的543个ChIP-Seq实验产生的高通量测序数据。通过分析数以百万计的TFBSs，鉴定了数以万计的TF-lncRNA和TF-miRNA调控关系。此外，开发了两个基于网络的服务器以从ChIP-Seq数据中注释和发现lncRNAs和miRNAs的转录调控关系。另外，开发了两个基因组浏览器deepView和genomeView，以提供多维数据的整合查看。而且，我们的网络实现支持不同的查询类型及TFs、lncRNAs、miRNAs、基因本体论和通路的探索。

最新版本发布时间：2012年11月

网址：http://deepbase.sysu.edu.cn/chipbase/

一个收集已被实验验证的microRNA靶标数据库。

最新版本发布时间：2009年1月。

网址：http://microrna.gr/tarbase/

一个整合的microRNA靶标数据库。整合多个靶标预测软件的调控关系。

最新版本发布时间：2010年11月。

网址：http://mirecords.biolead.org/

基于靶mRNA序列的进化保守等特征搜寻动物的microRNA靶基因。是预测microRNA靶标假阳性率较低的软件。而且是microRNA领域大牛Bartel实验室开发的。

最新版本发布时间：2009年4月。

网址：http://www.targetscan.org/

基于microRNA或microRNA靶标联合作用等特征开发的搜寻动物的microRNA靶基因。假阳性率也较低。是microRNA领域大牛Rajewsky实验室开发的。

最新版本发布时间：2007年3月。

网址：http://pictar.mdc-berlin.de/

基于靶位点的可接性和自由能预测microRNA的靶标。是著名的生物信息学家Segal实验室开发的。

最新版本发布时间：2008年8月。

网址：http://genie.weizmann.ac.il/pubs/mir07/mir07_data.html/

基于序列特征预测microRNA的结合位点。是几个流行的microRNA靶标预测软件的其中一个。IBM公司的研究团队开发的。

最新版本发布时间：2007年。

网址：http://cbcsrv.watson.ibm.com/rna22.html/

基于靶位点的可接性和自由能预测microRNA的靶标。是著名的生物信息学家Segal实验室开发的。

最新版本发布时间：2008年8月。

网址：http://genie.weizmann.ac.il/pubs/mir07/mir07_data.html/

EMBL-EBI的Enright 实验室开发的microRNA靶标数据库。

最新版本发布时间：2010年8月。

网址：http://www.ebi.ac.uk/enright-srv/microcosm/htdocs/targets/v5/

整合实验证实的microRNA靶标的数据库。

最新版本发布时间：2010年10月。

网址：http://mirtarbase.mbc.nctu.edu.tw/index.html/

13.MirGator v2.0

整合microRNA表达、靶标和疾病相关信息的数据库。

最新版本发布时间：2010年11月。

网址：http://mirgator.kobic.re.kr:8080/MEXWebApp/

动物的microRNA基因及其靶标的数据库。

最新版本发布时间：2008年1月。

网址：http://mirnamap.mbc.nctu.edu.tw/

动物microRNA靶标预测和功能注释数据库。

最新版本发布时间：2010年8月。

网址：http://mirdb.org/miRDB/

一个基于miRNA-target配对自由能预测microRNA的靶标。

最新版本发布时间：2011年6月。

网址：http://bibiserv.techfak.uni-bielefeld.de/

microRNA基因和microRNA靶标数据库。

最新版本发布时间：2007年1月。

网址：http://www.diana.pcbi.upenn.edu/miRGen.html/

基于降解组测序（degradome sequencing）数据预测动植物的各类小RNA(miRNA，piRNA和内源的siRNA)靶向的lncRNA，circRNA，pseudogene和mRNA的软件服务平台。目前已经整合了20个动物和植物的物种的降解组测序数据。

最新版本发布时间：2015年6月。

网址：http://mirlab.sysu.edu.cn/starscan/

19.miRFold web server

用于预测RNA分子二级结构

网址：http://rna.tbi.univie.ac.at/cgi-bin/RNAfold.cgi

用于预测piRNA序列信息

网址：http://59.79.168.90/piRNA/index.php

从多层次预测lncRNA与疾病的关联度

网址：http://210.73.221.6/lncrnadisease

收录最全面piRNA序列信息

网址：http://pirnabank.ibab.ac.in/

包含多个重要物种基因组草图，与ENCODE同步更新，并提供一系列在线分析工具，可免费下载。

网址：http://genome.ucsc.edu/

包括来自于细菌、古生菌和真核生物等99个物种的30 000个不同的非编码RNA。

网址：http://biobases.ibch.poznan.pl/ncRNA/

非编码RNA表达数据库（Noncoding RNA Expression Database，NRED）提供了人类和小鼠中数以千计的长非编码RNAs的基因表达信息。该数据库包含了微阵列和原位杂交（in situ hybridization，ISH）数据，其中许多是第一次在这里描述的。NRED也提供了特定ncRNAs的丰富的辅助信息，包括进化保守性，二级结构证据，基因组背景链接和反义关系。网络界面使得能够进行高级搜索和数据下载。NRED可能显著地提高长非编码RNAs的研究和理解，并为科学界提供了一个及时且有价值的资源。

最新版本发布时间：2009

网址：http://jsm-research.imb.uq.edu.au/NRED

lncRNAdb在生物信息学里是一个长链非编码RNA的生物学数据库。此数据库主要关注那些在试验上已经表征其生物学功能的那些RNA。此数据库目前已经保存来自越60种物种的超过150种lncRNA类信息。此数据库中lncRNA类的例子有HOTAIR与Xist。

最新版本发布时间：2011年7月

网址：http://www.lncrnadb.org/

ncFANs是一个在线预测与注释人、小鼠等物种中长非编码RNA的在线服务器，它利用对芯片数据进行重注释，并预测ncRNA的功能。

网址：http://www.ebiomed.org/ncFANs/

NONCODE科学数据库是中国科学院计算技术研究所生物信息学研究组和中国科学院生物物理研究所生物信息学实验室共同开发和维护的一个提供给科学研究人员分析非编码RNA基因的综合数据平台。

最新版本发布时间：2012年1月

网址：http://www.noncode.org/

一个已注释的人类lncRNA转录本序列和结构数据库。

网址：http://www.lncipedia.org/

28.DIANA-LncBase

实验验证的和计算预测的长链非编码RNA上的microRNA靶点。DIANA-LncBase旨在加强研究者的尝试并阐明microRNA（miRNA）-lncRNA推断的功能相互作用，保存了全转录组实验验证的和计算预测的人类和小鼠lncRNAs上的miRNA识别元件（miRNA recognition elements，MREs）。执行的分析包括一个大部分可用lncRNA资源的整合，相关高通量HITS-CLIP和PAR-CLIP实验数据，以及最新的计算靶预测。DIANA-LncBase中有效的实验支持条目超过了5000对相互作用，计算预测的相互作用超过1000万对。DIANA-LncBase保存了每个miRNA-lncRNA对的详细信息，例如外部链接，转录本基因组位置的图形绘制，结合位点的表征，lncRNA组织表达以及MREs的保守性得分和预测得分。

网址：http://carolina.imis.athena-innovation.gr/index.php?r=lncbasev2